1. Cơ cấu tổ chức của Cảng vụ hàng hải TP. Hồ Chí Minh gồm có:

a) Phòng Tổ chức - Hành chính;

b) Phòng Tài vụ;

c) Phòng Pháp chế;

d) Phòng Thanh tra;

đ) Phòng An toàn - An ninh hàng hải;

e) Phòng Thủ tục tàu thuyền;

f) Phòng Điều phối lưu thông hàng hải;

g)  Phòng Kỹ thuật VTS;

h) Đại diện Cảng vụ Hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh tại Hiệp Phước;

i) Đại diệnCảng vụ Hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh tại Gò Gia;

j) Trạm Cảng vụ Hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh tại Cát Lái;

k) Trạm Cảng vụ Hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh tại Vũng Tàu.

2. Giám đốc Cảng vụ hàng hải quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các phòng và đại diện sau khi được sự đồng ý của Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam.

3. Cảng vụ hàng hải TP. Hồ Chí Minh do Giám đốc lãnh đạo, các Phó Giám đốc giúp việc. Giám đốc do Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm. Phó Giám đốc do Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Giám đốc. Kế toán trưởng, Trưởng Đại diện Cảng vụ hàng hải do Cục trưởng Cục Hàng Hải Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Giám đốc. Trưởng phòng, Phó phòng nghiệp vụ khác do Giám đốc bổ nhiệm, miễn nhiệm.