Cảng vụ hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh là cơ quan trực thuộc Cục Hàng hải Việt Nam, tiền thân là Cảng vụ Sài Gòn được thành lập theo Quyết định số 533 QĐ/TCCB-LĐ ngày 22/03/1991 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và Bưu điện, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về hàng hải tại cảng biển và vùng nước cảng biển Thành phố Hồ Chí Minh. Qua quá trình hình thành và phát triển, Cảng vụ Sài Gòn được tách ra khỏi cảng Sài Gòn và được đổi tên thành Cảng vụ Hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh theo Quyết định số 358/2002/QĐ-CHHVN ngày 24/07/2002 của Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam. Cơ cấu tổ chức và hoạt động của các cảng vụ hàng hải nói chung và Cảng vụ Hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh nói riêng được quy định tại Quyết định số 57/2005/QĐ-BGTVT ngày 28/10/2005 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải.

           Chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của Cảng vụ hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh được quy định trong Bộ luật hàng hải Việt Nam và các quyết định, quy định có liên quan. Theo đó, Cảng vụ hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh thực hiện nhiệm vụ trong việc tham gia xây dựng quy hoạch, kế hoạch phát triển cảng biển trong khu vực quản lý và tổ chức giám sát thực hiện sau khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt; tổ chức thực hiện quy định về quản lý hoạt động hàng hải tại cảng biển và khu vực quản lý; kiểm tra, giám sát luồng cảng biển, hệ thống báo hiệu hàng hải; kiểm tra hoạt động hàng hải của tổ chức, cá nhân tại cảng biển và khu vực quản lý; cấp phép, giám sát tàu biển ra, vào và hoạt động tại cảng biển; không cho phép tàu biển vào cảng khi không có đủ điều kiện cần thiết về an toàn hàng hải, an ninh hàng hải và phòng ngừa ô nhiễm môi trường; thực hiện quyết định bắt giữ tàu biển của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; tạm giữ tàu biển theo quy định tại Điều 68 của Bộ luật hàng hải Việt Nam; tổ chức tìm kiếm, cứu người gặp nạn trong vùng nước cảng biển; huy động người và các phương tiện cần thiết để thực hiện việc tìm kiếm, cứu nạn hoặc xử lý sự cố ô nhiễm môi trường; tổ chức thực hiện việc đăng ký tàu biển, đăng ký thuyền viên; thu, quản lý, sử dụng các loại phí, lệ phí cảng biển theo quy định của pháp luật; tổ chức thực hiện thanh tra hàng hải, điều tra, xử lý theo thẩm quyền các tai nạn hàng hải tại cảng biển và khu vực quản lý; chủ trì, điều hành việc phối hợp hoạt động giữa các cơ quan quản lý nhà nước tại cảng biển; xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hàng hải theo thẩm quyền và thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn khác theo quy định của pháp luật.