1. Cơ cấu tổ chức của Cảng vụ hàng hải TP. Hồ Chí Minh gồm có:

a) Phòng Pháp chế;

b) Phòng An toàn và Thanh tra hàng hải;

c) Phòng Tổ chức - Hành chính;

d) Phòng Tài vụ;

đ) Phòng Thường trực tổng hợp;

e) Phòng Điều hành VTS;

f)  Phòng Kỹ thuật;

g) Đại diện Hiệp Phước;

h) Các trạm Cát Lái, Phú Mỹ và Vũng Tàu.

2. Giám đốc Cảng vụ hàng hải quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các phòng và đại diện sau khi được sự đồng ý của Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam.

3. Cảng vụ hàng hải TP. Hồ Chí Minh do Giám đốc lãnh đạo, các Phó Giám đốc giúp việc. Giám đốc do Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm. Phó Giám đốc do Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Giám đốc. Kế toán trưởng, Trưởng Đại diện Cảng vụ hàng hải do Cục trưởng Cục Hàng Hải Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Giám đốc. Trưởng phòng, Phó phòng nghiệp vụ khác do Giám đốc bổ nhiệm, miễn nhiệm.