Chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của Cảng vụ hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh được quy định trong Bộ luật hàng hải Việt Nam và các quyết định, quy định có liên quan. Theo đó, Cảng vụ hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh thực hiện nhiệm vụ trong việc tham gia xây dựng quy hoạch, kế hoạch phát triển cảng biển trong khu vực quản lý và tổ chức giám sát thực hiện sau khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt; tổ chức thực hiện quy định về quản lý hoạt động hàng hải tại cảng biển và khu vực quản lý; kiểm tra, giám sát luồng cảng biển, hệ thống báo hiệu hàng hải; kiểm tra hoạt động hàng hải của tổ chức...